Cáceres retornó el 10 de agosto de 1894, fue realmente breve, pues los civilistas no deseaban un gobierno nuevamente militar. Asumió el cargo tras la muerte de Remigio Morales Bermúdez, en una elección que fue acusada de fraudulenta.
Diversas rebeliones a lo largo del país llevaron a una guerra civil en 1895 liderada por Nicolás de Piérola, en donde finalmente fue derrocado.
Piérola ataca Lima
La noche del 16 de marzo de 1895, Nicolás de Piérola y sus tropas enrumbaron a Lima, donde estaban atrincheradas las fuerzas caceristas. Los primeros choques se produjeron en Barrios Altos, en la madrugada del día 17. Por la mañana, Piérola logró instalar su cuartel en la Plazuela del Teatro, a pocas cuadras del Palacio de Gobierno. La lucha fue muy sangrienta en todas las calles que dan acceso a la Plaza de Armas. Muchos vecinos pierolistas sacaron sus rifles para disparar sobre los caceristas desde sus techos y balcones, permitiendo que las tropas rebeldes ganen las principales calles del centro de la ciudad. En la mañana del 18 de marzo cerca de dos mil muertos y heridos cubrían las pistas y veredas de la capital. Y la lucha continuaba.
En Lima el 17 de Marzo de 1895 Pierola se enfrenta a Caceres, la lucha se prolongo 3 dias hasta q caceres renuncia.
La renuncia de Cáceres
Por fortuna, aquel día Andrés Avelino Cáceres recibió al Nuncio Apostólico José Macchi, representante del cuerpo diplomático, quien lo convenció para que renuncie y marche al exilio. Cáceres enrumbó a Buenos Aires y poco después viajó a Europa. Nunca más intentó ser Presidente del Perú.
